Přednášku na téma Projekt FIT COW připravil doc. ing. Jiří Motyčka, CSc.
Projekt FIT COW byl zahájen v roce 2018. V současné době je do genotypizace zapojeno 40 podniků celkem s 18 tisíci jalovicemi, jejichž průměrná hodnota gSIH nyní dosahuje 119,7. Díky prvním výsledkům z laktace první tisícovky otelených lze porovnat hodnoty genotypu a fenotypu, kde fenotypová data v podstatě potvrzují stanovené genomické PH. Genotypizace tak usnadňuje chovatelům včasné rozhodování, jak dál s výběrem zvířat a selekcí plemenic v chovu a umožnuje sestavení vlastního připařovacícho plánu i na základě genomických PH jalovic. Trend využití genomických PH je tak jednoznačný.
V rámci genotypizace jalovic je požadován sběr dat pro odhad PH pro znaky zdraví na základě zadávání dat z deníku léčení importem dat z vlastních faremních systémů. Využití zápisu do deníku léčení je uskutečněno v 60 až 70 % případů, zbytek tvoří import z faremních systémů. Na základě zápisu těchto informací o zdravotním stavu zvířat jsou ve VÚŽV počítány nové PH a genomické PH pro: rezistenci vůči mastitidám, infekčním i neinfekčním onemocněním paznehtů a odolnosti vůči onemocnění paznehtů včetně kulhání celkem.
Prohlížení PH pro zdraví je možné v prohlížeči plemenic. Pro získání informací, třídění dat i vyhodnocení genomických PH ve stádě i jednotlivců je možné využít ClouDNA, k němuž v současné době vzniká jakási nadstavba v podobě aktualizace programu Mating, jež na základě aktuálních dat z Plemdatu umožní sestavení připařovacího programu pro stádo a to s historií příbuznosti šest generací dozadu. To vše nejen s ohledem na PH, ale i s využitím genomických PH a informací z KU či hodnocení zevnějšku.
Praktickou ukázku a vysvětlení programů a aplikací představil ing. David Lipovský z ČMSCH, který informoval také o zadávání objednávky na genotypování, jež je umožněno jednak hromadným zasláním dat v excelu do iGenetiky či přes mobilní aplikaci. V případě zasílání většího počtu vzorků a hromadného zadávání dat do systému se vyplatí načítání kódů pomocí zakoupené čtečky čárových kódů, jejíž pořizovací cena není tak vysoká. Pro odběr vzorků pro genotypizaci jsou k dispozici odběrové sady a to v případě odběru chlupových cibulek i ušního štěpu.
Na tento příspěvek navázala také poutavá informace ing. Daniely Schröffelové, CSc. z laboratoří ČMSCH o správném odběru vzorků a robotizaci procesu genotypizace. Genotypizace je v podstatě přepsání genové informace ze zvířete do datového jazyka pomocí analýzy DNA. Ta se dnes uskutečňuje v laboratoři ČMSCH využitím robotizace. Pro správnou analýzu však potřebujeme mít kvalitní vzorek DNA, což 8,5 % zaslaných vzorků nesplňuje. Takovéto vzorky jednak nejsou čitelné a zanechávají za sebou chybějící informace, představují značnou časovou ztrátu v hodnocení, ale také prodražují celou genotypizaci. Apeluji proto na chovatele, aby odběru vzorků ať již chlupových cibulek, tak i ušních štěpů věnovali dostatečnou pozornost, správně je označovali a také zadávali do systému dle správného postupu. Jiné vzorky DNA (kromě chlupových cibulek a ušních chrupavek) jsou problematické. Z hlediska analýzy v laboratoři jsou nejvhodnější ušní štěpy.
Genotypování plemenic zahájil od 1. září 2020 i Svaz chovatelů českého strakatého skotu. O projektu Cattle Genom hovořil ing. Pavel Král. V současnosti se do projektu zapojilo osm podniků a dalších 15 je ve před podpisem smlouvy o genotypizaci. V rámci projektu je k dnešnímu dni zasláno ke genotypování 700 vzorků. Jedním z cílů projektu je také sběr zdravotních diagnóz, který zahrnuje kromě informací o onemocnění vemene a končetin i další nemoci jako jsou poruchy plodnosti, cysty, hypokalcémii a další.
Ing. Ludmila Zavadilová, CSc. z VÚŽV v Praze Uhříněvsi informovala o odhadu PH pro znaky zdraví a deníku léčení. V současnosti se odhadují PH pro 4 znaky, jimiž jsou: klinické mastitidy, nemoci paznehtů – infekční a neinfekční a nemoci paznehtů celkem včetně kulhání. Zdraví patří k nízce dědivým vlastnostem a je založeno spíše na fenotypu a prostředí. Pro odhad PH proto musíme znát i fenotyp, tedy informace z deníku nemocí. Pro hodnocení musíme mít v systému zadány správné kódy onemocnění podle universálního klíče diagnóz podle ICARu. U onemocnění končetin celkem je vhodné v případě, že kráva kulhá, zadávat do systému vedle příčiny také tuto skutečnost.
Ve výpočtu PH se počítá pomocí lineárního animal modelu s opakovatelností a informacemi o výskytu onemocnění za normovanou laktaci. U onemocnění jsou známy také genetické korelace např. odolnost vůči mastitidám vs. utváření vemene, které v podstatě značí, čím větší vemeno, tím větší náchylnost k onemocněním. I z tohoto důvodu hraje genomika velkou roli.
Posledním vystupujícím byl prof. ing. Luboš Vostrý, Ph.D. z ČZU. Cílem jeho přednášky bylo seznámit účastníky s informacemi o šlechtění na znaky zdraví v zahraničí. Především u holštýnského skotu se dlouhá léta šlechtilo na produkci, což je v negativní korelaci se znaky zdraví. Navíc ty jsou vesměs nízce dědivé. Zdraví tak z 60 % může ovlivnit chovatel, 30 % je vliv náhodného prostředí a pouze 10 % tvoří genetické založení. Fenotypový projev je tak ovlivněn převážně vnějším prostředím. Proto, abychom mohli šlechtit na vyšší odolnost vůči onemocněním, musíme vybírat prověřené jedince s vyšší PH pro znaky zdraví. A v tom nám může výrazně napomoci právě genomika, neboť výrazně zpřesňuje odhady PH. Od roku 2001 se počítá s PH pro somatické buňky i v MACE a většina zemí je má zakomponované do souhrnného indexu v rozmezí od 2,6 % (Irsko) do 18 % (Francie). ČR se se 7 % řadí k průměrným zemím.
pdf Přednáška Doc. Motyčka projekt FIT COW (1.31 MB)
Prezentace všech přednášejících jsou ke stažení na webových stránkách VÚVeL
